影片的开头，回忆x教授和万磁王一块来到简·格雷的家里，来找找小简·格雷谈谈人生，这两位大佬年轻的时候是好朋友，那时候x教授腿还是好的。简·格雷在小时候就表现出令人惊讶的能力，念力能控制物体的运动（是不是令人羡慕的超能力）。看到那些汽车和水没，牛顿的棺材板估计就压不住了。
时光回到现在，狼叔此时已成为学校的老师，正在和暴风女一起训练小变种人。而镭射眼为简·格雷的牺牲颓废不已，毕竟镭射眼那么喜欢简·格雷，他不死心的跑到水库找他的爱人。他发泄怒火，朝着水库射了一炮，没想到还真射出来一个人，此时的简·格雷已经黑化了。但是镭射眼哪管那么多，一见面就深情的吻了起来。正所谓秀恩爱死得快，吻着吻着镭射眼就领了便当。而此时x教授意识到了镭射眼出事了，就派狼叔和风暴女一起去找他，可是找到的却是昏倒的简·格。
狼叔大喜过望，赶紧抱着简·格雷回去检查，此时的教授就说出来简·格雷其实是双重人格，因为她的能力太强，控制不了自己，会造成无法预料的损失。所以教授就对她的黑暗人格进行了封印，狼叔很不满这种做法。在简·格雷醒后，竟然主动勾引狼叔做羞羞的事，但是狼叔最终还是把持住了。而此时的简·格雷两个人格在做激烈的思想斗争，最终黑化的人格赢得了主动权，并且强势冲出实验室。教授称这种状态为凤凰女。
而另一边人类已经找到完全抑制变种人基因的药物，就是能把变种人完全变成正常人，而那种药是从一名少年身上提取的。政府想要秘密采取行动剿灭变种人，万磁王觉得有事情可以搞，就把反对人类化的变种人集聚在一起。此时一名手下告诉万磁王，她感测到一位拥有5级能力的变种人（万磁王才3级），万磁王想要收过来当武器使用。
教授和万磁王不期而遇，一起找到了凤凰女。这两个大佬一起跟凤凰女谈人生，可想而知是谈崩了。因为万磁王的插嘴，凤凰女暴走，x教授因此也领了便当，万磁王也真正见识到凤凰女的威力。
教授牺牲了，狼叔成为了精神领袖。暴风女想找凤凰女算账，但是狼叔因为喜欢她，坚信能救回她的意识。狼叔一个人靠着灵敏的嗅觉，一个人去找凤凰女。虽然找到了，但是徒劳无功，不仅没劝回她，反而被万磁王k了一顿，毕竟万磁王是完全克制狼叔的。
万磁王已经开始对人类的复仇计划，因为有了凤凰女这个超级后盾，万磁王开始肆无忌惮起来，计划第一步是消灭解药，就是那个特殊的少年。
而被教训的狼叔，回去找人，叫上了暴风女和他的学生们去阻止万磁王的计划。开始了一场精彩的变种人对变种人对决。
影片的最后，凤凰女爆发了，狼叔含泪将狼爪捅向了爱人，从而解决了危机。
